Większość terenu województwa podkarpackiego to obszar źródliskowy, dający początek takim rzekom, jak Wisłoka, Wisłok i San. Ponad połowa ilości wody pobieranej w ciągu roku dla zaspokojenia potrzeb konsumpcyjnych mieszkańców pokrywana jest z zasobów wód powierzchniowych, z tego najwięcej wody do celów pitnych pobierana jest w zlewni Wisłoka (42% ogólnej ilości). Dlatego też realizacja zadań ochrony wód jest priorytetem w działalności Funduszu. Ponad połowę wydatkowanych środków Fundusz przeznaczył właśnie na te zadania. Do znaczących inwestycji w tym zakresie należy zaliczyć budowę oczyszczalni ścieków w Jaśle, Krośnie, Tarnobrzegu, rozbudowę i modernizację oczyszczalni ścieków w Przemyślu z równoczesną likwidacją lagun osadowych. Inwestycje tego typu realizowano również w wielu mniejszych ośrodkach miejskich i wiejskich.
Warto zaznaczyć, że w 2016 r. pomoc finansowa z Funduszu pozwoliła na rozpoczęcie zadań związanych z przeciwdziałaniem eutrofizacji wód w Zbiorniku Solina. Dofinansowanie po raz kolejny kierowane było na zadania realizowane na terenach źródliskowych. Wymienić tu można rozbudowę oczyszczalni ścieków w miejscowości Solina, budowę odcinka sieci kanalizacji sanitarnej w Polańczyku-Zacisze i budowę zaplecza sanitarnego na potrzeby biegowych tras narciarskich przy stadionie zimowym w Ustrzykach Dolnych. Jednym z większych przedsięwzięć dotyczących ochrony wody jest „Program poprawy czystości zlewni rzeki Wisłoki”, który realizuje Związek Gmin Dorzecza Wisłoki. Poszczególne etapy realizowane były z różnych programów pomocowych, także przedakcesyjnych.
Rok w rok Fundusz dofinansowywał akcje zarybiania podkarpackich rzek. Wypuszczaniem ryb do rzek zajmowali się działacze Polskiego Związku Wędkarskiego. Liczbę ryb można liczyć na miliony. Mowa o takich gatunkach, jak brzana, certa, świnka, lipień, szczupak, karaś, węgorz, lin, jaź, troć, boleń, sum i kleń. Ta systematyczna akcja już przynosi wymierne efekty.