Województwo podkarpackie nie należy - na szczęście - do czołówki regionów produkujących odpady, zarówno dotyczy to odpadów komunalnych, jak i przemysłowych. Niemniej jednak, WFOŚiGW nie zaniedbywał i tej dziedziny. Przede wszystkim liczne samorządy otrzymywały dofinansowanie selektywnej zbiórki odpadów. Fundusz wspierał również budowę oraz rozbudowę składowisk, np. w Kozodrzy i Przemyślu, sortowni opadów, np. w Rzeszowie, Krośnie i Ustrzykach Górnych, kompostowni, m.in. w Paszczynie k. Dębicy, Leżajsku, instalacji do przerobu odpadów w Krośnie.
Ponadto dofinansował likwidację tzw. mogilników, co pozwoliło na usunięcie odpadów zawierających środki ochrony roślin ze wszystkich zewidencjonowanych punktów ich składowania. Prowadził też programy usuwania materiałów zawierających azbest.
Jednym z ciekawszych przedsięwzięć było dofinansowanie instalacji recyklingu stłuczki szklanej w Hucie Szkła Jarosław z zastosowaniem sorterów odpadów optoelektronicznych czy instalację do produkcji żywic poliestrowych z wykorzystaniem surowca odpadowego przemiału PET w Zakładach Tworzyw Sztucznych Erg w Pustkowie.